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GeneClass2

GeneClass2 est un logiciel permettant de choisir ou d'exclure des populations comme étant l'origine d'individus à partir de génotypes multilocus (affectation et détection de migrants). Cette nouvelle version a été entièrement réécrite, elle inclue les fonctionnalités de pop100gene.

Voir la page d'installation.
Télécharger l'installateur de la version bilingue anglais/français en français pour Windows®
Télécharger la version bilingue anglais/français pour Linux® (format RPM ou fichier .tar.gz ou paquet debian pour Linux avec un script d'installation)
Voir l'aide en ligne (en Français) [existe aussi en PDF]

Référence

Piry S, Alapetite A, Cornuet, J.-M., Paetkau D, Baudouin, L., Estoup, A. (2004) GeneClass2: A Software for Genetic Assignment and First-Generation Migrant Detection. Journal of Heredity 95:536-539.

Historique et bugs

• Attention, un bug était présent dans la version d'août (08/2003), qui génère un classement erronné si on utilise les distance avec le rééchantillonnage.
• Version de février 2004 (2.0.b). La lecture est fichiers textes (ex. genepop) est améliorée.
• Version de juin 2004 (2.0.d) : encore des corrections du bug "Invalid floating point error" dans le calcul de distances qui subsistait parfois avec la 2.0.c. Merci aux testeurs !
• Version de juillet 2004 (2.0.e) : correction du plantage au lancement sur certaines machines.
• Version de décembre 2004 (2.0.f) : Correction du plantage au lancement avec Windows XP-SP2, correction de la sélection des locus.
• Version de janvier 2005 (2.0.g) : Correction d'un bug dans le traitement des données manquantes en cas de désélection de locus. Merci à Alain Frantz qui l'a découvert.
• Octobre 2013 : Un paquet debian pour Linux avec un script d'installation pour la compatibilité des librairies.

 

GeneClass2 is a program employing multilocus genotypes to select or exclude populations as origins of individuals (Assignment and Migrants Detection). This is a completely rewritten new version that includes pop100gene features.

See the installation page.
Download setup file of bilingual english/french version in english for Windows™
Download bilingual english/french version for Linux® (format RPM or .tar.gz file or debian package for Linux with an installation script.)
See the online helpfile (in English) [also exists in PDF]

Reference

Piry S, Alapetite A, Cornuet, J.-M., Paetkau D, Baudouin, L., Estoup, A. (2004) GeneClass2: A Software for Genetic Assignment and First-Generation Migrant Detection. Journal of Heredity 95:536-539.

History and bugs

• Warning: A bug has been discovered in the august version (08/2003) leading to an erroneous assignment while using distances with resampling.
• Feb. 2004 release (2.0.b): Text files (eg. genepop) parsing improved.
• June 2004 release (2.0.d): more correction of the "Invalid floating point error" bug while computing distances, sometimes still occuring with 2.0.c version. Thanks to the testers !
• July 2004 release (2.0.e): correction of the crash when starting on some machines.
• December 2004 release (2.0.f): correction of the crash at start under Windows XP-SP2, and correction of the loci selection.
• January 2005 (2.0.g): Correction of a bug involving missing data treatment when some loci are unselected. Thanks to Alain Frantz who discovered it.
• October 2013: A debian package for Linux with an installation script for libraries compatibility.

GeneClass (Ancienne version / Old version)

A program employing multilocus genotypes to select or exclude populations as origins of individuals.