Comment
utiliser GeneClass2 ?
Limites de responsabilités:
Ce logiciel est fourni en l'état. Ni les auteurs et les diffuseurs dénient
toute garantie, implicite ou explicite, quant aux performances de ce logiciel.
Vous pouvez redistribuer librement ce programme, tant que les conditions suivantes
sont remplies : Le programme n'est pas modifié, le fichier d'aide est
inclus sans modifications, aucune sorte de contribution ne peut être demandée.
Merci de citer cette référence
si vous utilisez GeneClass2:
Piry S, Alapetite
A, Cornuet, J.-M., Paetkau D, Baudouin, L., Estoup, A. (2004) GeneClass2:
A Software for Genetic Assignment and First-Generation Migrant Detection.
Journal of Heredity 95:536-539.
ATTENTION : Par souci
de compatibilité internationale, le séparateur décimal
utilisé par GeneClass2 est le point.
Pour utiliser GeneClass2 vos fichiers de données doivent être dans
un format reconnu. Les formats de fichier reconnus sont : GenePop
(codage des allèles par 2 ou 3 chiffres, ou haploïde) (Raymond
& Rousset, 1995; voir aussi "Genepop
on the web"), FStat
(Goudet, 1995), Genetix
(Belkhir et al.), plus un format basé
sur le XML (eXtended Markup Language) et un format à usage interne (CIRAD-PRN).
Consultez les référence pour de plus amples informations concernant
les formats de fichiers.
Notez qu'il est préférable que les fichiers de données contiennent
aussi peu de données manquantes que possible (voir Piry
et al., 2004 pour la gestion des données manquantes).
La langue (Français ou Anglais) peut être choisie à partir
du menu "Langue" de GeneClass2.
Remarquez que pour la plupart des options choisies une référence
bibliographique est indiquée dans une fenêtre et il est recommandé
de consulter ces références lorsque des informations détaillées
sont nécessaires.
Les pages suivantes donnent des instructions plus détaillées
quant à l'utilisation de GeneClass2 :
- Détection de migrants
- Affectation d'individus (ou de groupes d'individus)
- Conversion de formats de fichiers de données
et description de la diversité des populations
Bibliographie
- Baudouin L, Lebrun P (2000)
An operational bayesian approachfor the identification of sexually reproduced
cross-fertilized populations using molecular markers. Acta Horticulturae
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- Belkhir K, Borsa P, Chikhi L,
Raufaste N, Bonhomme F (1996-2001) GENETIX 4.02, logiciel sous Windows TM
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Montpellier (France).
- Cavalli-Sforza LL, Edwards AWF (1967) Phylogenetic
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- Piry
S, Alapetite A, Cornuet, J.-M., Paetkau D, Baudouin, L., Estoup, A. (2004)
GeneClass2: a software for genetic assignment and first generation migrants
detection. Journal of Heredity 95:536-539.
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