Travaux dirigés: hybridation moléculaire et PCR

Exercice 9

9- Amplification spécifique d'un microsatellite.

On rappelle qu'un microsatellite est une séquence très courte fortement répétée dans le génome. Dans l'exemple ci-dessous, il s'agit de la répétition CA. Le nombre de répétition du motif CA à une même position dans l'ADN génomique est très variable selon les différents individus qui composent une population homogène. Il existe en général plusieurs endroits différents du génome qui contiennent un microsatellite d'un type particulier (le microsatellite de type CA par exemple). On distingue bien entendu ces différents endroits par la séquence de l'ADN entourant le microsatellite, séquence que l'on ne retrouve qu'une fois dans le génome.

a- En considérant l'exemple ci-dessous, proposez une méthode fondée sur la PCR pour différencier différents individus de la population. Expliquez (et schématisez) quel type de résultat on doit obtenir lorsqu'on applique la méthode que vous proposez.

b- Déterminez la séquence de deux amorces de 20 paires de bases utilisables pour amplifier de façon spécifique le fragment contenant ce microsatellite.

        1 TTTTAAGTTA CTGTGTGCTT GTTGCAGGAT CTGTAACTAA TTCCTATGCG ATTCTCTTGT
       61 TTGTAGGGCG AAGATGAGGG AGATCCTGCA CATCCAGGGA GGGCAATGTG GCAACCAGAT
      121 TGGCGCCAAG TTCTGGGAGG TGGTGTGCGA TGAACATGGC ATTGACCACA CACACACACA
      181 CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA
      241 CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA
      301 CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACAACCG CCTCGGCCAT
      361 TGCTGGTAAC AATTGGGCTA AGGGCCACTA CACCGAGGGT GCTGAGCTCA TTGACTCTGT
      421 TCTGGATGTT GTGAGGAAGG AAGCTGAGAA CTGTGACTGC TTGCAAGGAT TCCAAGTATG
      481 CCACTCCCTT GGTGGTGGTA CTGGATCTGG TATGGGTACG CTGTTGATCT CAAAGATCAG

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Réponse à l'exercice