Travaux dirigés: hybridation moléculaire et PCR

Exercice 36

36- Puce à ADN.

En utilisant la technique des puces à ADN, on cherche à comparer le niveau d'expression d'un ensemble de gènes du pois dans deux conditions de culture différentes, stress hydrique et condition normale (Figure 2). Au préalable, on a réalisé une expérience de contrôle (Figure 1) dans laquelle on compare les signaux détectés lors de l'hybridation d'une même lame par deux sondes, marquées par différents fluorophores (Cy3 et Cy5), mais réalisées à partir d'un même échantillon d'ARNm.

Figure 1 : Analyse de la reproductibilité de l'expérience. Deux sondes marquées, l'une au Cy3 et l'autre au Cy5, ont été réalisées à partir des mêmes ARNm de plantes cultivées dans des "conditions contrôle". Ces deux sondes, a priori identiques, ont été hybridées sur une même lame. Les intensités mesurées sont exprimées en unités arbitraires.

Figure 2 : Comparaison des deux traitements. La lame a été hybridée avec deux sondes réalisées à partir d'ARNm de plantes cultivées en condition contrôle (résultats de l'hybridation indiqués en abscisse) ou en condition de stress hydrique (résultats de l'hybridation indiqués en ordonnées). Les intensités mesurées sont exprimées en unités arbitraires. Les lettres et les flèches sont explicitées dans le texte.

a. Commentez les résultats de l'expérience contrôle (Figure 1).
b. Commentez les résultats de la comparaison des deux traitements (Figure 2). Quelles conclusions tirez vous du profil d'expression des gènes qui se trouvent dans les zones A, B, C, D et E ? Quelles conclusions tirez vous du profil d'expression des deux gènes signalés par des flèches?

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Réponse à l'exercice