Travaux dirigés: hybridation moléculaire et PCR
Exercice 33
33- Quantification de la présence d'OGM par PCR quantitative.
Pour déterminer le pourcentage de soja génétiquement
modifié dans un lot de fèves, on utilise la technique de PCR
quantitative en temps réel. L'analyse repose sur une double
amplification. L'amplification d'un gène spécifique de
l'espèce soja (gène codant la lectine) permet d'évaluer
la quantité d'ADN total présent dans l'échantillon.
L'amplification d'une partie du transgène (promoteur CaMV 35S) permet
d'évaluer la quantité d'ADN correspondant à la
présence d'OGM. La réglementation française impose
l'obligation d'étiquetage des OGM ou des produits dérivés
d'OGM dès lors que le pourcentage d'OGM est supérieur à 1%.
Pour limiter les biais de l'analyse, les deux amplifications sont
réalisées au cours d'une même réaction de PCR (PCR duplex).
En même temps que les échantillons inconnus que l'on cherche
à caractériser, on analyse une série d'échantillons
connus qui contiennent 1% d'OGM, ce qui permet d'établir une courbe
d'étalonnage. L'analyse de cette courbe d'étalonnage a
donné les résultats suivants :
a. Tracez séparément les deux droites d'étalonnage
en exprimant le Ct (affiché en ordonnée) en fonction du
logarithme de la quantité d'ADN (affiché en abscisse).
Déterminez les pentes de chaque droite puis calculez l'efficacité de chaque PCR selon la formule :
Ces efficacités de PCR sont-elles satisfaisantes pour analyser
valablement le pourcentage de soja transgénique contenu dans un lot ?
b. L'analyse de deux échantillons de soja a donné les
résultats suivants
valeurs de Ct mesurées pour l'amplification de la lectine : 20,60 (éch. 1) et 23,87 (éch. 2)
valeurs de Ct mesurées pour l'amplification de l'OGM : 26,36 (éch. 1) et 26,33 (éch. 2)
A l'aide des droites d'étalonnage ou de leurs équations,
calculez le pourcentage de soja transgénique contenu dans ces 2 échantillons de soja. Les produits correspondants doivent-ils être étiquetés ?
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Réponse à l'exercice