Dans les deux cas, un fragment Eco RI de 2000 pb contient la presque totalité du gène. Il a été sous-cloné et séquencé pour les deux variétés. Dans les deux cas, le pourcentage en G+C est de 47%. Il apparait par séquençage que les deux séquences présentent 92% d'homologie entre elles.
Nous nous proposons d'analyser le polymorphisme RFLP de ces deux variétés en utilisant le gène NPQ comme sonde.
Les ADN génomiques des deux variétés ont
été digérés d'une part par Eco RI et
d'autre part par Hind III puis séparés sur un gel
d'agarose. Après transfert sur membrane de nitrocellulose, l'ADN
a été hybridé par le fragment Eco RI de 2000 pb
de la variété Plaisant, marqué radioactivement.
Les conditions d'hybridation sont celles de l'exercice numéro 5.
a. Calculez les températures optimales d'hybridation et de rinçage pour espérer obtenir un signal d'hybridation sur les deux variétés.
b. Donnez le profil d'hybridation obtenu. Quel marqueur RFLP pourra t'on retenir?
c. Quelles hypothèses permettent d'expliquer ce type de polymorphisme?
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Réponse à l'exercice