La détection de migrants ne nécessite qu'un seul fichier de données contenant à la fois les populations au sein desquelles les migrants de première génération seront recherchés et les sources potentielles de ces migrants.
Lancez GeneClass2 à partir du menu "Démarrer", dossier "CBGP". L'écran de présentation apparaît, suivi par la fenêtre principale de GeneClass2.
Chargez un fichier de données en cliquant sur le bouton "Ouvrir",
et choisissez un fichier dans le sélecteur [A1].
Choisissez l'option "Détection de migrants de première génération"
dans le premier onglet de la fenêtre principale [A2].
Choisissez le type de calcul de vraisemblance à appliquer pour la détection
de migrants. Par exemple, sélectionnez "L = L_origine / L_max"
qui est le rapport de vraisemblance calculé entre la population dans
laquelle l'individu a été échantilloné (L_origine)
et la plus forte vraisemblance parmi toutes les populations dont la population
d'origine (L_max) [A3]
(voir Paetkau
et al. 2004).
En cliquant sur l'onglet "2) Critère calculé" [B1] vous pouvez maintenant choisir le critère qui sera utilisé pour le calcul de vraisemblance. Les méthodes Bayésiennes et celle basée sur les fréquences sont souvent plus performantes que celles basées sur les distances (voir Cornuet et al. 1999 pour une étude comparative). Choisissez par exemple le critère de Paetkau et al. (1995) [B2]. Ce critère nécessite un paramètre spécifique correspondant à la fréquence par défaut en cas d'allèle manquant (Paetkau et al. 2004). Vous pouvez faire glisser le curseur [B3] pour définir cette valeur (par exemple 0.01).
Si vous voulez calculer la probabilité qu'un individu soit un résident
(c'est à dire pas un migrant de première génération),
cliquez sur l'onglet "3) Calcul de probabilité" [C1],
et ensuite cochez la case "Activer le calcul de probabilité (rééchantillonage
de Monte-Carlo)" [C2].
Vous pouvez désormais choisir un algorithme de rééchantillonage
[C3] (par exemple Paetkau
et al. 2004; recommandé pour la détection de migrants
de première génération, mais voir aussi Rannala
& Mountain (1997) et Cornuet
et al. (1999)). Faites glisser le curseur de définition
du nombre d'individus simulés [C4]
(par exemple1000, qui est la valeur par défaut, ou 10000 qui est dix
fois plus long mais plus précis), et le curseur de définition
de l'"Erreur de type I (alpha)" [C5]
(par exemple 0.01, qui est la valeur par défaut, voir Cornuet
et al. (1999); Paetkau
et al. (2004)).
Si besoin est, vous pouvez désélectionner des locus dans l'onglet
"4) Sélection des locus" [D1].
Les locus désélectionnés ne seront pas utilisés
dans les calculs.
Enfin, cliquez sur le bouton "Démarrer" [D2]
pour lancer le calcul.
Le programme affiche alors le "Journal" [E1]
qui fait la synthèse des paramètres de lancement.
La barre de progression et un compteur [E2]
montrent l'état d'avancement du calcul.
Le bouton "Stop" [E3]
permet d'interrompre le calcul en cours.
Une fois les calculs terminés, les résultats sont affichés
dans une grille dans laquelle les éventuels migrants F0 (Paetkau
et al., 2004) sont colorés en rouge (p < seuil) [F1]
et les populations les plus probables en vert [F2].
Le nombre d'individus ayant une probabilité inférieure à
la valeur du seuil est aussi affiché [F3].
Les résultats peuvent être imprimés (Bouton "Imprimer"
[F4]) ou exportés au format
csv (bouton "Exporter" [F5]).
